Много куноити или женщин ниндзя использовалось в течение длительного периода истории. Куноити также принимали важное участие в делах семейств ниндзя и кланов феодальной Японии. Мотидзуки Тиоми, жена сёгуна Мотидзуки Моритоки, основала одну из самых широких сетей агентов женщин ниндзя в период провинциальных войн в Японии. Тиоми организовала своих воспитанниц, чтобы быть настоятельницами храмов, алтарей и святилищ, и их называли Микко. Они могли двигаться свободно по всей стране и имели доступ ко многим местам, потому что общество их уважало, и они не привлекали внимания.

Стремясь получить ценную информацию, политические деятели и участники сражений за власть часто доверяли куноити такие задачи, которые ниндзя не могли выполнить. Куноити доверяли такие задачи, где было необходимо использовать женскую интуицию и где нужно было работать в местах, куда женщины могли легко войти без опасения, что кто-то их заподозрит, почему они там. Они часто использовали своё обаяние как любовницы и гейши чтобы получить информацию или, если необходимо, чтобы убить вражеского главнокомандующего или влиятельного человека.

Были миссии из разряда шпионажа или заказных убийств, которые только куноити могла выполнить, из-за преимуществ ее пола, и где мужчины не имели никакого шанса на успех. В феодальной Японии была поговорка, что не существует замка, охраняемого настолько хорошо, в который куноити не смогла бы войти.

Женщины-ниндзя проходили почти такое же обучение, как и мужчины-ниндзя. Они точно также должны были подвергнуться длительному и беспощадному обучению, пройдя как физическую, так и ментальную подготовку. Но все же основной акцент делался на тактическом и психологическом тренинге, с целью научиться эффективно манипулировать врагом.

Образование Куноити было сконцентрировано на маленьком оружии для близкого боя и использования. Так что они были мастерами ягэн (фармацевтика и делание ядов, различные микстуры и травы и наркотики), каяку дзюцу (создание и устанавливание огней и использования взрывчатых веществ), филиал ряку (стратегия), интон дзюцу (уклончивая техника, техника сокрытия и камуфляжа), синоби ири (техника невидимих движений и путей взлома и проникновений), танто дзюцу (техника использования ножа), сюрикен дзюцу (искусство броска лезвий и звездочек), и т.д. Намного меньше внимания обращалось на большое оружие типа мечей, копий, палок, хотя это также было не редко.

Чтобы скрыть свои действия, куноити также изучали технику танца, пения, игру на музыкальных инструментах, чайную церемонию и другое. Среди специфического оружия куноити были иглы, которые обычно помещались в волосы, чтобы держать прическу, но в нужный момент их можно было стремительно достать и нанести удар в тело жертвы. Такие иглы обычно покрывались сильными ядами, которые могли причинить мгновенную смерть. Другое оружие куноити было неко-те, когти, которые были помещены в пальцы и использовались, чтобы царапать жертву. Основные свои физические возможности они использовали только как последний выход, при самозащите, применяя технику нападения без колебания и в комбинации с фактором неожиданности и психологией. Сегодня куноити обучаются другими методами чем их исторические предшественницы. Они теперь изучают ниндзюцу чтобы обогатить свою жизнь посвящению древнему искусству воина, через отдых, физическую форму, самозащиту, духовное развитие и создание уверенности в себе.